Theo Hòa thượng Thích Thiện Tâm, Đại học Phương Nam có thể coi là một Viện Đại học Vạn Hạnh thứ hai, theo hình mẫu của Viện Đại học Vạn Hạnh, cũng do một giáo hội Phật giáo thành lập, tổ chức, quản lý, điều hành, khác cái là các phòng học ở ngay trong chùa, bày tỏ tinh thần hoạt động giáo dục hướng ra xã hội của một bộ phận Phật giáo. Đại học này được hình thành năm 1967, trong bối cảnh Phật giáo miền Nam chia làm 2 khối, Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất khối Việt Nam Quốc Tự, và Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất khối Ấn Quang (điều hành Đại học Vạn Hạnh).[3]

Viện Đại học Phương Nam có 3 phân khoa:

- Phân khoa Kinh tế - Thương mại.

- Phân khoa Ngoại ngữ.

- Văn Khoa.

Viện trưởng đầu tiên là Giáo sư Lê Kim Ngân. Vào thập niên 1970, Viện Đại học Phương Nam có 750 sinh viên ghi danh.[3]